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Bactéries humaines

Bacilles et Cocci

 

GRAM +

GRAM-

COCCI

 Anaérobie strictes

  • Peptostreptocoques
  • Neissria
    • Gonocoque
    • Méningocoque
  • Branhamella catarrhalis

 Anaérobies strictes

  • Veillonella

BACILLES

  • Listeria monocytogenes
  • Gardnella vaginalis
  • Corynebacterium Diphteriae

 Anaérobies strictes

  • Clostridium
    • difficile
    • perfringens
    • tetani
    • botilium
  • Actinomyces israeli
  • Lactobacillus acidophilus
  • Probionebacterium
  • Pseudomonas aéaeruginosa
  • Acinebacter baumannii
  • Haemophilus
    • influenzae
    • ducreyi
  • Legonella pneumoniae
  • Bordetella pertussis
  • Brucella melitensis
  • Pasteurella multocida
  • Entérobactérie
    • Escherichia coli
    • Proteus mirabillis
    • Klebsiella 
      • pneumoniae, 
      • oxytoca
    • Salmonella 
      • typhi, 
      • paratyphi
    • Shigella dysentarie
    • Yersinia
      • enterocolitica
      • pseudotuberculosis
      • pestis
    • Enterobacter cloacae
    • Serratia marcescens
    • Citrobacter freundii
  • Vibrionaceae
    • Campylobacter jejuni
    • Helicobacter pylori
    • Vibrio cholerae
  • Groupe HACEK
    • Haemophilus
      • parainfluenzae
      • aphrophilus
    • Actinobacillus 
    • Actinomycetemcomitans
    • Cardiobacterium hominis
    • Capnocytophage sputigena
    • Eikinella corrodens
    • Kingella kingae

 Anaérobie stricte

  • Bactéroides fragilis
  • Fusobacterium

 

Mycobactéries

Mycobactéries

  • Mycobacterium
    • tuberculosis
    • bovis
    • atypiques
    • leprae

Intracellulaires

Intracellulaires

  • Mycoplasmes
    • pneumoniae
    • hominis
  • Ureaplasma urealyticum
  • Chlamydia
    • pneumoniae
    • psittaci
    • trachomatis
  • Bartonella henselae
  • Rickettsia

Spirochètes

Spirochètes

  • Treponema
    • pallidum
    • pertenue
    • carateum
  • Borrelia vurgdorferi
  • Leptospira icterohemorragiae
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Corynebactérium diphteriae

Définition

  • bacilles à Gram positif,
  • immobiles et asporulés
  • flore normale de l’arbre respiratoire, des autres muqueuses et de la peau
  • sécrète toxine responsable de la diphtérie

Habitat

  • parasite strict de l’espèce humaine
  • transmission voie respiratoire

Pouvoir pathogène

  • se multiplie sur les muqueuses respiratoires (rhinopharynx ++, larynx +/-) –> toxine –> absorption par muqueuse –> épithélium –> inflammation –> nécrose –> exsudats nécrose, hématies, GB –> fausses membranes amygdales
  • bloque la synthèse cellulaire: dégénérescence parenchymateuse

Clinique

  • angine fébrile
  • voile du palais –> cou “proconsulaire”
  • dyspnée (obstruction des VAS par fausse membrane “croup”)
  • complications cardiaques (myocardite) et neurologiques (dysphagie, paralyse
  • vacciné: angine banale

Etudes bactériologiques

Microscope

  • Bacille à Gram positif, immobile, sans spore ni capsule
  • paquets d’épingles, en palissades, en lettres chinoises
  • coloration: granulations métachromatiques, de siège polaire

Cultures

  • milieux de culture usuels, plus vite serum salé et sang
  • milieu de LOEFFLER: pousse plus rapidement

Caractères biochimliques

  • toxine: antigène C.Diphtariae
  • se lie protéine réceptrice (Heparin binding epidermal growth factor ou HB-EGF) très abondante dans les nerfs et le cœur

Diagnostic bactériologique

  • culture sur sérum de bœuf coagulé

Traitement

Curatif

  • gammaglobulines
  • + pénicilline ou d’érythromycine
  • repos au lit (risque cardiaque)
  • vaccination

Préventif

  • Vaccination (inclus dans le DTP)

Sources: Université Pierre et Marie Curie Bactériologie Niveau DCEM1 2002 – 2003  http://www.chups.jussieu.fr/

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Neisseria

Définition

  • cocci à Gram négatif, en diplocoques, aérobies stricts, oxydase positive
  • commensaux des cavités naturelles
  • pathogène: Neisseria meningitidis et Neisseria gonorrhoeae

Habitat

Neisseria meningitidis

  • strict de l’espèce humaine
  • porte d’entrée rhino-pharynx

Neisseria gonorrhoeae

  • strict de l’espèce humaine

Pouvoir pathogène

Neisseria meningitidis

  • jeunes, collectivité
  • rhino-pharyngite contagieuse
  • période hivernale et printanière
  • bactériémie (méningococcémie) avec fièvre et rash hémorragique (pétéchies, purpura)
  • méningite: complication la plus fréquente: céphalée brutale, vomissement, raideur de nuque
  • Syndrome de Waterhouse-Friderichsen: septicémie fulminante avec purpura, coagulation intravasculaire disséminée et collapsus circulatoire

Neisseria gonorrhoeae

infections sexuellement transmissibles: la blennorragie ou gonococcie

Homme

  • 2 à 5 jours
  • uréthrite avec écoulement purulent et brûlures vives à la miction (chaude-pisse)
  • chronique: retrecissement uréthral
  • extension glandes uréthrales, à la prostate, aux vésicules séminales et à l’épididyme
  • dissémination du gonocoque: lésions cutanées (papules hémorragiques, pustules), d’arthrites, de ténosynovites
  • quand infection asymptomatique: gonococcies disséminés

Femme

  • uréthrite, une cervicite, une bartholinite ± écoulement
  • extension: salpingite (avec risque d’oblitération secondaire et de stérilité), une pelvi-péritonite

Nouveau-né

  • traversée de la filière génitale
  • infection quand femme infecté et non traité
  • ophtalmie purulente, risque de cécité

Etudes bactériologiques

Neisseria meningitidis

Microscope

  • Cocci réniformes, à Gram négatif, habituellement groupés en diplocoques
  • LCR eau de riz

Culture

  • méningocoque est un germe moins fragile que le gonocoque
  • ne pousse pas ou mal sur les milieux de culture usuels et à 22 °C (différence avec les Neisseria commensales)
  • humidité favorise la croissance
  • cultures sont positives en 18 heures

Caractères biochimiques

  • aérobie strict, oxydase positive
  • capable d’utiliser le glucose et le maltose (≠ gonocoque)
  • possède une alpha-glutamyl-transférase, (≠ N.gonorrhoeae)

Chimie et antigènes

  • paroi structure voisine de celle des bacilles à Gram négatif
  • lipo-polysaccharide (LPS) ou endotoxine: pouvoir léthal par injection intraveineuse ou intrapéritonéale à dose élevée et un pouvoir dermo-nécrotique par injection intradermique
  • polysaccharides capsulaires: classement en groupes sérologiques : A, B, C, D, XYZ, 29E et W135
  • groupe A Afrique, groupe B en Europe, groupe C en Amérique
  • épidémie que A et C (B porteur sain, sporadique)
  • méningococcémies graves: antigènes polysaccharidiques libérés en grande quantité (sang, LCR…)
  • anticorps immunisants: seulement A et C

Neisseria gonorrhoeae

Microscope

  • cocci réniformes à Gram négatif, habituellement groupés en diplocoque
  • dans le pus uréthral en amas

Culture

  • germes fragiles
  • cultive à 36°C sur gélose chocolat (vitaminique et additionnée d’un mélange d’antibiotiques)
  • atmosphère humide et en CO2
  • 18 à 48h

Caractères biochimiques

  • aérobie strict, oxydase positif, glucose positif mais maltose négatif
  • gonococcie asymptomatique: auxotrophes à l’égard de l’arginine, l’hypoxanthine et l’uracile

Chimie et antigènes

  • endotoxine paroi, glucido-lipido-polypeptidique similaire BGN
  • pas de vaccin
  • pili permettent de se fixer sur les cellules du tractus génito-urinaire et sur les spermatozoïdes
  • présents que chez les souches virulentes
  • antigènes protéiques de surface, génétiquement indépendants des pili, protègeraient les gonocoques virulents de la phagocyctose et de l’action bactéricide des IgA sécrétoires.
  • gonocoques auxotrophes (infections asymptomatiques et disséminées) résistants in vitro à certaines immunoglobulines M (IgM) de sérum humain (étroite relation avec un déficit à métaboliser le fer in situ quand présent)
  • les gonocoques qui donnent des infections localisées, symptômatiques, sont tués par ces IgM.

Diagnostic

Neisseria meningitidis

  • diagnostic direct
  • prélèvements LCR, sang, lésions purpuriques et gorges, germe fragile à ensemencé vite
  • au microscope réaction cellulaire importante avec peu de germes à l’intérieur et extérieur des PNN
  • culture gorge plus difficile (nécessité d’inhiber flore commensale)
  • antibiogramme systématique (exceptionnellement résistant aux beta lactamine)

Neisseria gonorrhoeae

Direct

  • le matin avant émission d’urine ou toilette génito-urinaire, prélèvement (urètre, col…)
  • microscope coloration GRAM, positivité en aigue si diplocoque BGN intérieur PNN altérés
  • antibiogramme important à la recherche de souche résistante aux beta lactamines

Indirect

  • Ac anti-pili
  • Test non sensible et non spécifique si localisé
  • Franchement positive si gonococcie compliqué

Traitement

Neisseria meningitidis

Curatif

Préventif

  • administration de rifampicine pendant 2 jours
  • 20 mg/kg/jour en 2 prises, à 12 heures d’intervalle
  • chimioprophylaxie est recommandée chez les contacts familiaux, les enfants des crêches et des écoles maternelles, et chez les sujets vivant dans des communautés closes

Vaccination

  • méningocoques des groupes A et C sont vaccinants
  • anticorps protecteurs qui apparaissent dès le 7e jour qui suit l’injection et ne persistent que pendant 2 à 3 ans

Neisseria gonorrhoeae

Curatif

Préventif

  • nouveau-né: collyre à l’érythromycine à 0,5 % ou à la tétracycline à 1 %
  • préservatifs

Sources: Université Pierre et Marie Curie Bactériologie Niveau DCEM1 2002 – 2003  http://www.chups.jussieu.fr/

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Staphylocoque

Définition

  • coques (cocci) à Gram positif, groupés en amas
  • forme de grappes de raisin, immobiles, non sporulés,
  • catalase positive et oxydase négative.
  • 27 espèces du genre, les principales sont Staphyloccus aureus, S.epidermidis et S.saprophyticus..

Habitat

  • commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et des animaux (rhino-pharynx, intestin).
  • muqueuse nasale d’un tiers environ des sujets normaux. Eliminé
  • milieu extérieur, cette bactérie peut survivre longtemps dans l’environnement.

Pouvoir pathogène

Caractères généraux

  • pyogène par excellence, S.aureus est le microbe de la suppuration.
  • Staphylocoques— Certaines souches agissent aussi par libération d’une ou de plusieurs toxines (intoxication alimentaire, syndrome de choc toxique, impetigo).
  • Fréquence et  gravité des infections à staphylocoques liées à 3 principaux facteurs :
    • le caractère ubiquitaire du germe,
    • l’abaissement des défenses locales et générales des malades soumis à des soins intensifs, des interventions chirurgicales graves, etc.,
    •  et la fréquente résistance aux antibiotiques du staphylocoque, notamment du staphylocoque hospitalier.

Infections

Formes cutanées : atteinte plus ou moins sévère des follicules pilo-sébacés (folliculite, fu-
roncle, anthrax), atteinte péri-onguéale (onyxis, perionyxis, atteinte du tissu sous-cutané (pa-
naris, phlegmons). Certaines formes superficielles (impetigo) peuvent se compliquer de lésions bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice d’exfoliatine.

Formes muqueuses : otites, sinusites, mastoïdites, conjonctivites.

Formes généralisées :

  • Septicémie: foyer initial cutanéo-muqueux : diffusion par atteinte des veines (séquence : phlébite, caillot, embol septique en rapport respectivement avec action de la coagulase, de la fibrinolysine et de l’hyaluronidase).
  • Formes intestinales : soit intoxication alimentaire par absorption de toxine préformée dans des aliments contaminés par un staphylocoque producteur d’entérotoxines, soit entérocolite aiguë pseudo-membraneuse à staphylocoque, consécutive à une antibiothérapie polyvalente massive et prolongée ayant sélectionné une souche entérotoxique.
  • Syndrome de choc toxique. Il associe une hypotension artérielle importante avec état de choc, de la fièvre (> 39 °C), une érythro-dermie diffuse, une desquamation des paumes et des plantes une à deux semaines après le début de la maladie et une atteinte pluriviscérale (digestive, musculaire, muqueuse, rénale, hépatique, neurologique, hématologique). Fait important, les hémocultures sont négatives tandis que les prélèvements locaux permettent de cultiver S.aureus. Les signes cliniques sont liés à la production d’une exotoxine protéique (Toxic Shock Syndrome Toxin 1 ou TSST-1). D’autres toxines (entérotoxine B ou C) seraient impliquées dans le syndrome de choc toxique. Des syndromes similaires peuvent s’observer au cours d’infections par d’autres bactéries (ex.Streptococcus A).

Etudes Bactériologiques

Microscope

Cocci à Gram positif, isolés ou groupés en diplocoques ou en amas ayant la forme de grappes de raisin

Culture

milieu de culture sélectif hypersalé de CHAPMAN. En bouillon trouble uniforme en quelques heures. Sur gélose ordinaire se pigmentent habituellement en jaune doré (aureus). En gélose profonde zone d’aérobiose et dans la zone d’anaérobiose –> bactérie aérobie-anaérobie facultative, capable de se multiplier à la surface de la peau, en aérobiose et dans les tissus mal oxygénés, plaie profonde par exemple.

Caractères biochimiques

Aérobie prédominant et anaérobie facultatif. Catalase positive à la différence des bactéries du genre Streptococcus qui n’ont pas de métabolisme aérobie.

Physiopahtologie

Paroi: peptidoglycane, les acides teichoïques immunogène,, lipoteichoïques , polysaccharides capsulaires: meilleure résistance des souches à l’opsonisation et à la phagocytose. Certaines souches produisent un exopolysaccharide (glycocalix) qui entraîne la formation d’un biofilm engluant les bactéries et leur permettant d’adhérer aux surfaces extérieures.

Invasion: colonise la peau et les muqueuses en adhérant aux cellules et aux composants de la matrice extracellulaire.

Substances élaborées:

Les toxines

  • Les hémolysines (choc septique par cytolyse plaquette et monocyte libérant médiateurs inflammation)
  • La leucocidine (pus)
  • L’exfoliatine (d’érythrodermie bulleuse)
  • Les entérotoxines (intox alimentaires thermostable insensible suc dig)
  • La toxine responsable du choc toxique staphylococcique (TSST-1) (effet pyrogène)

Les enzymes non toxiques

  • La coagulase-libre (thrombophlébites suppurées)
  • La fibrinolysine (micro-embols septiques)
  • Les désoxyribonucléases
  • La hyaluronidase (diffusion dans le tissu conjonctif)
  • La lipase (virulence abcès)

Diagnostic

uniquement direct –> prélèvement : aseptique –> examen microscopique: cocci réguliers, à Gram positif, groupés en amas –> culture sur gélose ordinaire ou milieu de CHAPMAN si contamination.

caractères suivants

  • catalase (différence avec le streptocoque)
  • fermentation du glucose en anaérobiose (différence avec le microcoque)
  • coagulase (différence avec S.epidermidis et S.saprophyticus)
  • DNase thermostable (qui signe l’espèce S.aureus)

Traitement

préventif: mesures d’hygiène et d’asepsie individuelle et collective, surveillance des denrées alimentaires

curatif:

  • Staphylococcies cutanéo-muqueuses, localisées : macrolide ou apparenté
  • Staphylococcies graves : association de deux antibiotiques bactéricides : bêta-lactamine (pé- nicilline semi-synthétique non hydrolysée par les pénicillinases : ex. oxacilline) + aminoside (ex. :gentamicine, etc) ou fluoroquinolones (ex. : ofloxacine).
  • En cas de résistance aux pénicillines semi-synthétiques, (souches méthicilline résistantes isolées en milieu hospitalier) letraitement antibiotique sera un glycopeptide (vancomycine ou teicoplanine) seul ou associé à un autre antibiotique actif (aminosides, rifampicine, acide fusidique, fosfomycine).
  • drainage des collections purulentes.

–>Lien vers traitement


Sources: Université Pierre et Marie Curie Bactériologie Niveau DCEM1 2002 – 2003  http://www.chups.jussieu.fr/

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Streptocoques, Entérocoques & Pneumocoques

  • Streptococcus et enterococcus: cocci gram positif, catalase négative, métabolisme anaérobie
  • Streptococcus: streptocoque (sensu stricto) et le pneumocoque
  • Enterococcus: streptocoque groupe D sauf streptocoque bovis


Streptocoques

Habitat

  • Parasites de l’espèce humaine: streptocoques groupes A, C et G
  • Commensaux muqueuse buccale: streptocoques du groupe B et streptocoque non groupage et non hémolytique
  • Commensaux muqueuse génitale: streptocoque du groupe B

Pouvoir pathogène

  • Bactérie pyogène n°2 après staphylocoque
  • Le plus pathogène: Streptocoque bêta-hémolytique du groupe A=streptococcus pyogènes: responsable de réactions immunologiques complexes avec formation d’Ac spécifiques et d’auto-Ac.

Streptocoque groupes A, C, G

  • Bêta-hémolytiques
  • Angine érythémato-pultacée: très fréquente, fièvre, dysphagie, ADP
  • Infections aigües: cuntanées, muqueux ou septicémiques: impétigo, érysipèle, plaies, brûlures
  • Bactériémies souvent 2ndr infction locale (fièvre puerpérale, endocardites, méningites)
  • Scarlatine: angine + dissémination du foyer par toxine érythrogène
  • TSLS (toxic shock like syndrome): syndrome de choc toxique avec défaillance multiviscérale
  • Affections auto-immune: R.A.A, néphrite post-streptococcique, chorée de Syndeham
  • Parenté antigénique entre paroi du streptocoque et certaines tissus humaines. (le traitement comprend une pénicillinothérapie et cortisone pour diminuer réaction immunitaire)

Les autres streptocoques

  • Infections aigües: génitale (fièvre puerpérale strepto B), néonatales sévères (méningite à strepto B), localisations diverses (abcès cérébral, chlécystites…)
  • Infections subaiguës: endocardite lente d’Osler (greffe sur endocarde lésé d’un strepto non groupable dentaire ou gingival (sanguis, mitis), strepto groupe D (bovis), intestinale (cancer colique) ou entérocoque)

Etudes bactériologiques

Microscope: Cocci gram positif groupés en chaînette, acapsulés, asporulés

Culture:

  • germe exigent nécessitant addition
  • en bouillon: flocons + dépôt (dû aux longues chainettes ressemblant à de la mie de pain)
  • gélose au sang: colonies grisâtres zone d’hémolyse total pour bêta (strepto A, C, G) partielle pour alpha ou rien
  • Métabolisme anaérobie mais aérobie tolérants. Pas de catalase ( enz respi, diff staph)

Physiopathologie

  • Structure antigénique
  • Polyoside C spécifique
  • Strepto groupe A: proteine M: résistance à la phagocytose, anti-M immunité durable et protectrice. (60 types Ag M) M12 dans les néphrites
  • Structures élaborées par streptococcus pyogènes

Substances élaborées

  • toxines érythrogène: scarlatine, strepto groupe A, C ou G lysogènes. Semblable à la la Spe (streptococcal pyogenic exotin) responsable de chox toxiques avec défaillance multiviscérale
  • Enzymes non toxiques
    • Hémolysines 0 et S: streptolysines: antistreptolysines. ASLO (antistreptolysines anti-O) dosé dans affections chroniques à streptocoque. Nl 2000UI/mL
    • Streptokinase (fibrinolysine), streptodornase (qui lyse les acides nucléiques) antigénique.
    • Hyaluronidase: facteur de diffusion du germe et enzmes

Diagnostic

  • Directe: prélèvement aseptique, milieu enrichi
    • sur cavité close (hemoculture, abcès..) tous les strepto peuvent être pathogène
    • gorge: seul bêta hémolytque du groupe A, C ou G
    • méningite néonat
  • indirect: ASLO

Traitement

curatif

  • strepto A, C et G très sensible pénicilline, erytrhomycine
  • strepto non groupable et strepto bovis sensibilité int pénicilline ou résistante nécissitant forte dose + aminoside

préventif: hygiène des mains (Semmelweis et fièvre puerpérale)



Entérocoque

  • cocci à Gram positif, disposés en diplocoques, commensaux du tube digestif
  • infections urinaires et d’endocardites.
  • surtout Enterococcus faecalis >> Enterococcus faecium.
  • poussent sur milieu ordinaire, sur milieu hostile (NaCl 6,5 %, bile)
  • appartiennent au groupe D de Lancefield
  • moins sensibles aux antibiotiques que les autres streptocoques
  • résistant aux C3G


Pneumocoque

Définition

  • Streptococcus pneumoniae
  • diplocoque à Gram positif, encapsulé
  • propriétés métaboliques des bactéries du genre Streptococcus

Habitat

  • hôte normal (commensal) de l’arbre respiratoire supérieur
  • Pouvoir pathogène
  • baisse de l’immunité générale ou locale (anoie arbre respi, alcool, splénectomie, malnutrition..)
  • affections loco-régionales (bronchite, pneumonie +++..)
  • affections à distance avec réactions fibrineuses génératrices de cloisonnements

Etude bactériologique

microscope: cocci à Gram positif, en flamme de bougie, encapsulés, groupés par paire (diplocoque), parfois en courtes chaînettes

culture: aussi difficile que le streptocoque, sur gélose de sang et anaérobie colonies lisses, transparentes, en goutte de rosée, entourées d’une zone d’hémolyse partielle (alpha)

Caractère biochimique

  • métabolisme anaérobie mais aérobie tolérant, pas de catalase
  • phénomène de Neufeld: adjonction tensio-actif (bile, sels biliaire) à une culture en bouillon entraîne lyse des capsules

physiopathologie

  • capsule de nature polysaccharidique (84 types immunologiques)
  • phénomène de gonflement complexe Ac-Ag permet typage sérologique
  • capsule empêche la phagocytose –> développement Ac anti-capsule permet gurésion. Sans capsule ne peut être distinguer des strepto non groupable

Diagnostic

  • Pas de sérologie, mise en évidence du pneumocoque dans lésion
  • L’analyse du crachat n’est pas un moyen fiable car présence naturelle
  • au microscopique: diplocoques à Gram positif encapsulés et de nombreux polynucléaires altérés
  • culture sur gélose au sang, de colonies en goutte de rosée, alpha-hémolytiques, sensibles à l’optochine ± lyse par bile/sels biliaires en bouillon et serotypage

Traitement

  • curatif: pénicilline
  • préventif: vaccin

Sources: Université Pierre et Marie Curie Bactériologie Niveau DCEM1 2002 – 2003  http://www.chups.jussieu.fr/